Παρόλο που είναι αλήθεια ότι η πλειονότητα των ατόμων δεν παρουσιάζει παρενέργειες, υπάρχει ένα πολύ μικρό ποσοστό ατόμων που εμφανίζουν ανεπιθύμητες παρενέργειες. Υπάρχουν αρκετά σπάνιες περιπτώσεις όπως άτομα με πρωτοπαθή υπερπαραθυρεοειδισμό (PHPT), ή σαρκοείδωση και άλλες κοκκιωματώδεις διαταραχές στα οποία μπορεί να παρουσιαστεί μια υπερευαισθησία στα συμπληρώματα βιταμίνης D.
Οι κοκκιωματώδεις διαταραχές που περιλαμβάνουν σαρκοείδωση, φυματίωση, λεμφώματα, λέπρα, μυκητισιακές παθήσεις, νέκρωση του υποδόριου λίπους στα νεογνά, πολυμυοσίτιδα και βηρυλλίωση είναι σπάνιες διαταραχές που μπορεί να οδηγήσουν σε υπερευαισθησία στη λήψη βιταμίνης D. Άτομα με αυτές τις παθήσεις συχνά παρουσιάζουν υπερασβεστιαιμία ακόμα και με μια πολύ μικρή δόση βιταμίνης D.
Σε κάθε περίπτωση συστήνεται η συνεργασία με τον θεράποντα ειδικό για να επιλυθεί με ασφάλεια η υπάρχουσα ανεπάρκεια βιταμίνης D.
