Η Μονή βρίσκεται στο νοτιοδυτικό άκρο του νομού Φωκίδας, στο Δήμο Ευπαλίου, 30 περίπου χιλιόμετρα βορειοανατολικά της Ναυπάκτου, στον παλαιό δρόμο του Λιδωρικίου. Είναι κτισμένη πάνω σε έναν μικρό λόφο και σε υψόμετρο 800 περίπου μέτρων, ανάμεσα σε πυκνό δάσος από δρυς και αγριοκαστανιές, με πλουσιότατη θέα προς την ορεινή Ναυπακτία και τη Δωρίδα.
Οι Κομνηνοί αγάπησαν τόσο την Παναγία την Βαρνάκοβα, ώστε επέλεξαν το καθολικό τής Μονής ως τόπο ενταφιασμού τους και αυτό, διότι έγιναν από αυτούς δύο μοναχοί: ο Αλέξιος, με το όνομα Ακάκιος και ο κάποτε ηγούμενος και ο πατέρας του Εμμανουήλ, με το όνομα Ματθαίος.
Ο αρχαιολόγος Ορλάνδος απεκάλυψε τούς τάφους τους κάτω από το δάπεδο του εσωνάρθηκα, το 1919 και υπάρχουν στη Μονὴ οι επιτύμβιες πλάκες τους σήμερα. Η Βαρνάκοβα υπήρξε το προπύργιο της Ορθοδοξίας και του Ελληνισμού στα χρόνια της επιρροής των Λατίνων στη Δυτική Ελλάδα και κυρίως, κατά τη Φραγκοκρατία της ευρύτερης περιοχής και ο «κυματοθραύστης» των σχεδίων καθολικοποίησης του Ελληνισμού, που θρησκευτικά ανήκε τότε στον Πάπα της Ρώμης ενώ στην Μονή λειτούργησε και κρυφό σχολειό από το 1520 έως το τέλος περίπου του 19ου αιώνα.
Ανάμεσα στα πολλά αξιοθέατα μεγάλου αρχαιολογικού και θρησκευτικού ενδιαφέροντος της Βαρνάκοβας, δεσπόζει η εικόνα της Παναγίας, η οποία χρονολογείται από κτίσεως του ναού. Η εικόνα φέρει εμφανές ράγισμα κατά μήκος του προσώπου της Θεοτόκου, που σύμφωνα με αυτόπτες μάρτυρες δημιουργήθηκε από τοπικό σεισμό που συνέβη στις 15 Αυγούστου 1940 μ.Χ., την ώρα του τορπιλισμού του ευδρόμου Έλλη στην Τήνο.
Κατά το μεγάλο αγώνα του 1821 μ.Χ. υπήρξε κέντρο ανεφοδιασμού των μαχητών της Ρούμελης και ισχυρό οχυρό τους. Μετά την πτώση του Μεσολογγίου η Ιερά Μονή Βαρνάκοβας έγινε ολοκαύτωμα (26-05-1826 μ.Χ.). Σήμερα το ιερό Μοναστήρι της Παναγίας Βαρνάκοβας, ανακαινισμένο, αποτελεί χώρο ψυχικής ανάτασης και πνευματικής γαλήνης φωλιασμένο μέσα σε απέραντο «Δεντριά».
