Με το όνομα Φανάρι φέρονταν κατά τους βυζαντινούς χρόνους πιθανώς από την ύπαρξη φάρου ή φανού στην είσοδό του. 

Τουρκολίμανο λέγονταν από τους χρόνους της ελληνικής επανάστασης του 1821 και μετά, ενώ λιμένας Κουμουνδούρου λεγόταν στους νεότερους χρόνους επειδή στο νότιο άκρο του υπήρχε η έπαυλη του Κουμουνδούρου μετά την κατεδάφιση της οποίας ανεγέρθηκε ο Ναυτικός Όμιλος Ελλάδος.

 Το 1925 η ειδική επιτροπή που συστάθηκε τότε για την διόρθωση τοπωνυμιών και σημείων του Πειραιά ονομάτισε επίσημα τον λιμένα αυτόν επαναφέροντας την αρχαία ονομασία Λιμένας Μουνιχίας. 

Η νέα όμως ονομασία δεν κατάφερε να καθιερωθεί, λόγω του κακόηχου στη νεοελληνική, έναντι του επικρατέστερου Τουρκολίμανο, ενώ το 1967 καθιερώθηκε το όνομα Μικρολίμανο.