Ο Ορχομενός φαίνεται να κατοικήθηκε από τη νεολιθική περίοδο, γύρω στο 6000 π.Χ. Μεγάλη ακμή όμως γνώρισε την πρώιμη Μυκηναϊκή περίοδο μεταξύ 2000 και 1200 π.Χ., όταν κατοικήθηκε από ένα αρχαιοπελασγικό φύλο, τους Μινύες. Την περίοδο εκείνη η περιοχή γνώρισε μεγάλη ακμή. Χαρακτηριστικό της μεγάλης ανάπτυξης της κοινωνίας των Μινυών είναι τα αποστραγγιστικά έργα που έγιναν τότε για την πρώτη αποξήρανση της Κωπαΐδας. Ο Όμηρος κάνει αναφορά στην Ιλιάδα για τον πλούτο των κατοίκων του Ορχομενού. Η πόλη συμμετείχε στον Τρωικό πόλεμο με αρχηγούς τον Ασκάλαφο και τον Ιάλμενο.[1]